似たようなケースで、きちんと清算業務を行い、清算結了登記によって法人格が消滅し、登記簿が閉鎖されたような場合（今回の事例の株式会社Ｂ銀行、Ｃ信用組合のような場合）、後日その会社名義の財産が見つかったりすると、実は生産が結了していなかった（まだ未処分の財産があった）ということで、「清算結了登記を抹消する登記」の申請が必要になります。
しかし、今回のケースでは、そもそも清算結了登記はされておらず、法務局の職権で登記簿が閉鎖されているため、これを復活させるためには、「清算を結了していない旨の届出」を行うことになります（商業登記規則８１条３項）。これは、登記申請ではありません。
実際に行った手続きとしては、
・清算を結了していない旨の上申書作成
・今回の対象不動産の登記簿謄本提出（実際にその会社名義の財産が存在することの証明）
・清算人の印鑑届出
・清算人が登記簿上の住所から移転していたので、その沿革の疎明
になります。
登記申請ではないので、登録免許税はかかりません。
個人的にも初めての申請だったのですが、割とすんなりと受け付けてくれ、通常の登記申請用の受付票をもらいました（普通、あまりもらうことはないですが・・・）。

 
印鑑カードの発行申請（カードは郵送交付希望）も同時に行っていたため、特に問題なければ確認後に印鑑カード郵送しておきます、とのこと。
しかし、そもそもの今回の相談は、担保抹消（及びその後の売却？）がメインなので、この会社復活の手続きはそのための準備にすぎません。担保権者である金融機関は２社ともすでに清算結了されており、こちらも登記簿は閉鎖されているので、それはそれで多少ややこしいことになりそうです・・・
不動産の管轄は三重県になるので、なんとか補正にならないようにしっかり準備して申請したいと思います。

あまりないケースだとは思いますが、似た事案でお困りの方はぜひご相談ください。